מרתף השואה שוכן בהר ציון בירושלים בבית עתיק. במוזיאון זה מונצחת השואה באורינטצייה חרדית ובין היתק מוצגים כאן חפצים שהובאו מהמחנות ונעשו מקלף ספר תורה: תיקים, נעליים תוף ועוד. מוצג גם ספר תורה מוכתם בדם, קבועים על הקירות שמותיהן של חמעחה מ-2,000 קהילות שהושמדו ועוד.
מוזיאון אסירי המחתרות משחזר את המבנה שבו נכלאו אסירי ההגנה, הלח"י והאצ"ל, בין השנים 1920 עד 1948. המוזיאון מציג את חדרי הכליאה ומתקני בית הכלא ומתמקד בסיפורים אישיים של מספר אסירים, ובכך ממחיש את התקופה. המוזיאון שוכן בבניין עתיק בירושליים, שהפך בימי המנדט הבריטי, לבית הסוהר המרכזי.
מוזיאון "חצר היישוב הישן" שוכן בתוך מבנה כבן 500 שנה ובמרכזו החדר בו נולד האר"י הקדוש. המוזיאון מספר את סיפורן של היהודים שעלו לירושלים, מהתקופה העות'מנית ועד 1948.
מוזיאון המוקדש כולו לתקופת המקרא ובו תערוכות קבועות בהן נפרשים סיפורי התנ"ך וההיסטוריה, בארצות התנ"ך. בתערוכות הקבע מוצגים פריטים ארכיאולוגיים שונים. במקום מתקיימות פעילויות שונות.
המבקרים במוזיאון זה יזכו להתוודע לאחת הדמויות החשובות ביותר בתולדותיו של העם היהודי בתקופה המודרנית, ראש הממשלה המנוח מנחם בגין. המוזיאון יקח את המבקרים אל פרקי חייו של המנהיג, דרך מצגת אור קולית, פריטים אותנטיים, תצוגות שונות ועוד.
המוזיאון הפתוח בקמפוס גבעת רם, כולל טבע עירוני במיטבו ותזכו למפגש עם עשרות עצים, אשר ניטעו לפני עשורים רבים. המוזיאון משמש הוכחה כי קמפוס אוניברסיטאי יכול להיות חלק בלתי נפרד מרקמת העיר.
מנזר המצלבה, הסמוך לגן סאקר, בעמק המצלבה בירושלים, הוא המקום, שעל-פי האמונה הנוצרית, גדל בו עץ הזית ממנו גולף הצלב של ישו. המנזר דמוי מצודה, אודות לחומת אבני הגזית הגבוהה, המקיפה אותו, ובמרכזו כיפה, ועליה מתנוסס צלב. כיפה זאת, כו גם מגדל הפעמונים של הכנסייה, נראים למרחוק.
היכל שלמה הוא מוזיאון שעוסק בזהות ישראלית ויהודית, דרך תצוגות קבע ותערוכות מתחלפות בנושאים שונים. המקום מבוסס על אוסף מיוחד ומרתק, מימי בית שני ועד ימינו אנו.
סמוך לכנסיית הבקר, במרכזו של הרובע הנוצרי בירושלים העתיקה, נמצאת כנסיית הגואל. בכנסייה אין תמונות ועטורים למעט חלונות ויטראז' יפים, אותם יצר אומן יהודי מנהריה. במקום נערכים קונצרטים שונים ותמורת תשלום סמלי, ניתן לעלות לתצפית ממגדל הכנסייה.
בוריס שץ היה מייסד בית הספר לעיצוב "בצלאל" ובבית זה שכנו בני המשפחה. המקום שומר לאורך השנים וכיום הוא משמש לעידוד היצירה האמנותית ובהעמקת הידע אודות תרומתה של משפחת שץ לתרבות בישראל.
רק בשנת 2000 נפתח לציבור בית החולים הנסן (בית המצורעים) בירושלים והתערוכות המספרות את תולדותיו. מבנה יפה זה מציע התרשמות מיופיו החיצוני, לצד סיקור תולדותיו ועבודות אמנות רבות.
אימו של קונסטנטינוס, הקיסר הרומי, הגיעה לירושלים בשנת 326. לאחר שמורה דרך הרראה לה את קברו של ישו ושרידי צלב המזוהים עימו, קידשה הלנה את המקום ושנים אחר-כך הקימה בו את כנסיית הקבר. במתחם כנסיות נוספות, ככנסיית מיכאל הקדוש, כנסיית ארבע החיות והכנסייה העליונה בא ציור המתאר את ביקורה של מלכת שבא אצל המלך שלמה.
ביתו של אחד מגדולי הסופרים העבריים וזוכה פרס נובל לספרות שמואל יוסף (ש"י) עגנון, אשר ממוקם בשכונת תלפיות בירושלים, הינו מוזיאון המציג את תולדות חייו ויצירתו של עגנון וכן בית לאירועי ספרות וכנסים.
מוזיאון גוש קטיף נועד ליצור תודעה של שימור, הצדעה וזיכרון, למפעל ההתיישבות ולזכרון העקירה. המוזיאון פועל מאז הקמתו, במלאת שלוש שנים לעקירת ישובי גוש קטיף וצפון השומרון.
מוזיאון הפטריארכיה היוונית אורתודוקסית, כולל מעבר לפתח משרדים, כנסיות ומנזר ואף גישה אל גגה של כנסיית הקבר. כמו כן, את הספרייה, מושב הפטריארך ואולם קבלת הפנים.
ביתו של הרב קוק שופץ ושוחזר, תוך שמירה על אופיו הייחודי של הבית. בבית ניתן לייר בבית הכנסת, בו שכנה ישיבת מרכז הרב בתחילת הדרך. באולם התעוכה, ששימש כזרת הנשים וספרייה. באגף בו התגוררה המשפחה, נמצאים כיום מרכז פדגוגי ותיעודי וחדר עיון. המקום גם מופע אורקולי על חיי הרב ופועלו.
המוזיאון העדה הקראית בירושלים, כולל מקווה, בור המים וחדרי המגורים. אין מאפשרים כניסה חופשית לבית הכנסת, אך בתאום טלפוני מראש, ניתן לבקר במוזיאון ולראות את בית הכנסת דרך חלון מיוחד.
מוזיאון יהדות איטליה ממחיש את ימי הרנסנס והבארוק, של יהדות איטליה. במקום, בית כנסת מרשים מהעיירה קונליאנו ונטו, שהועלה לארץ בשלמותו ונבנה לפני יותר מ-300 שנה.