ביתו של אחד מגדולי הסופרים העבריים וזוכה פרס נובל לספרות שמואל יוסף (ש"י) עגנון, אשר ממוקם בשכונת תלפיות בירושלים, הינו מוזיאון המציג את תולדות חייו ויצירתו של עגנון וכן בית לאירועי ספרות וכנסים.
מרתף השואה שוכן בהר ציון בירושלים בבית עתיק. במוזיאון זה מונצחת השואה באורינטצייה חרדית ובין היתק מוצגים כאן חפצים שהובאו מהמחנות ונעשו מקלף ספר תורה: תיקים, נעליים תוף ועוד. מוצג גם ספר תורה מוכתם בדם, קבועים על הקירות שמותיהן של חמעחה מ-2,000 קהילות שהושמדו ועוד.
המבקרים במוזיאון הטבע יוכלו לראות תצוגות מחיי הטבע בארץ ישראל, תצוגות של עופות ויונקים וגם למידה על גוף האגם ואיבריו. בנוסף, עורך המוזיאון תערוכות מתחלפות בנושאים ייחודים מרתקים לתלמידים ולקהל הרחב.
המבקרים במוזיאון זה יזכו להתוודע לאחת הדמויות החשובות ביותר בתולדותיו של העם היהודי בתקופה המודרנית, ראש הממשלה המנוח מנחם בגין. המוזיאון יקח את המבקרים אל פרקי חייו של המנהיג, דרך מצגת אור קולית, פריטים אותנטיים, תצוגות שונות ועוד.
בוריס שץ היה מייסד בית הספר לעיצוב "בצלאל" ובבית זה שכנו בני המשפחה. המקום שומר לאורך השנים וכיום הוא משמש לעידוד היצירה האמנותית ובהעמקת הידע אודות תרומתה של משפחת שץ לתרבות בישראל.
מוזיאון "חצר היישוב הישן" שוכן בתוך מבנה כבן 500 שנה ובמרכזו החדר בו נולד האר"י הקדוש. המוזיאון מספר את סיפורן של היהודים שעלו לירושלים, מהתקופה העות'מנית ועד 1948.
מוסד התרבות החשוב והמוביל במדינת ישראל. במתחם המוזיאון נמנים אגפים ותערוכות קבע חשובים ביותר: ארכיאולוגיה, אמנות ותרבות יהודית, אגף בצלאל לאמנות ועוד. כחצי מיליון פריטים מוצגים במוזיאון, על אגפיו השונים, ומתקיימות בו הפעלות שונות.
המוזיאון הפתוח בקמפוס גבעת רם, כולל טבע עירוני במיטבו ותזכו למפגש עם עשרות עצים, אשר ניטעו לפני עשורים רבים. המוזיאון משמש הוכחה כי קמפוס אוניברסיטאי יכול להיות חלק בלתי נפרד מרקמת העיר.
ביתו של הרב קוק שופץ ושוחזר, תוך שמירה על אופיו הייחודי של הבית. בבית ניתן לייר בבית הכנסת, בו שכנה ישיבת מרכז הרב בתחילת הדרך. באולם התעוכה, ששימש כזרת הנשים וספרייה. באגף בו התגוררה המשפחה, נמצאים כיום מרכז פדגוגי ותיעודי וחדר עיון. המקום גם מופע אורקולי על חיי הרב ופועלו.
מוזיאון הפטריארכיה היוונית אורתודוקסית, כולל מעבר לפתח משרדים, כנסיות ומנזר ואף גישה אל גגה של כנסיית הקבר. כמו כן, את הספרייה, מושב הפטריארך ואולם קבלת הפנים.
סמוך לכנסיית הבקר, במרכזו של הרובע הנוצרי בירושלים העתיקה, נמצאת כנסיית הגואל. בכנסייה אין תמונות ועטורים למעט חלונות ויטראז' יפים, אותם יצר אומן יהודי מנהריה. במקום נערכים קונצרטים שונים ותמורת תשלום סמלי, ניתן לעלות לתצפית ממגדל הכנסייה.
רק בשנת 2000 נפתח לציבור בית החולים הנסן (בית המצורעים) בירושלים והתערוכות המספרות את תולדותיו. מבנה יפה זה מציע התרשמות מיופיו החיצוני, לצד סיקור תולדותיו ועבודות אמנות רבות.
מוזיאון יהדות איטליה ממחיש את ימי הרנסנס והבארוק, של יהדות איטליה. במקום, בית כנסת מרשים מהעיירה קונליאנו ונטו, שהועלה לארץ בשלמותו ונבנה לפני יותר מ-300 שנה.
מוזיאון גוש קטיף נועד ליצור תודעה של שימור, הצדעה וזיכרון, למפעל ההתיישבות ולזכרון העקירה. המוזיאון פועל מאז הקמתו, במלאת שלוש שנים לעקירת ישובי גוש קטיף וצפון השומרון.
מוזיאון המוקדש כולו לתקופת המקרא ובו תערוכות קבועות בהן נפרשים סיפורי התנ"ך וההיסטוריה, בארצות התנ"ך. בתערוכות הקבע מוצגים פריטים ארכיאולוגיים שונים. במקום מתקיימות פעילויות שונות.
אימו של קונסטנטינוס, הקיסר הרומי, הגיעה לירושלים בשנת 326. לאחר שמורה דרך הרראה לה את קברו של ישו ושרידי צלב המזוהים עימו, קידשה הלנה את המקום ושנים אחר-כך הקימה בו את כנסיית הקבר. במתחם כנסיות נוספות, ככנסיית מיכאל הקדוש, כנסיית ארבע החיות והכנסייה העליונה בא ציור המתאר את ביקורה של מלכת שבא אצל המלך שלמה.
היכל שלמה הוא מוזיאון שעוסק בזהות ישראלית ויהודית, דרך תצוגות קבע ותערוכות מתחלפות בנושאים שונים. המקום מבוסס על אוסף מיוחד ומרתק, מימי בית שני ועד ימינו אנו.
המוזיאון העדה הקראית בירושלים, כולל מקווה, בור המים וחדרי המגורים. אין מאפשרים כניסה חופשית לבית הכנסת, אך בתאום טלפוני מראש, ניתן לבקר במוזיאון ולראות את בית הכנסת דרך חלון מיוחד.
מוזיאון הפטריארכיה היוונית קתולית הוקם בשנות ה-70 בידי האב סמואל, נזיר צרפתי בן העדה היוונית-קתולית. הפטריארכיה היוונית-קתולית, הנקראת גם כנסיית הבשורה הירושלמית, היא מרכזה הארצי של קהילה ייחודית בארץ, שמשלבת תרבות מזרחית ונצרות מערבית.