במעיין שכבה מי הגשמים מחלחלים בשכבת מחלחלת מים (אקוויקלוד) כדוגמת סלעי גיר. המים נעצרים בשכבה עוצרת מים (אקוויפר) כדוגמת שכבת החוואר האטומות לחלחול המים.
המים זורמים בתוך האדמה על גבי שכבות החוואר ופורצים החוצה ב<?xml:namespace prefix = st1 ns = urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags />מעיין אשר בקצה בו נחשפת השכבה האטומה למים.
עין עקב אשר בנגב הוא דוגמה למעיין שכבה. <?xml:namespace prefix = o ns = urn:schemas-microsoft-com:office:office />